가. 피합병법인 주주에 대한 과세
외국 모회사와의 삼각합병을 하는 경우에는 피합병법인의 주주는 소유하던 주식이 국내법인 주식에서 외국법인 주식으로 바뀌게 되어 최종적으로 양도하는 자산의 종류가 바뀌게 된다. 피합병 법인의 주주가 내국법인인 경우에는 순자산증가설에 의하여 과세되므로, 외국모회사의 주식을 보유하다가 양도하더라도 국가간 이중과세의 문제 이외에는 특별한 과세문제가 발생하지 않을 것이다.
피합병법인의 주주가 비거주자이거나 외국법인인 경우에는 외국모회사의 주식을 양도하는 것에 대하여 한국에서 과세권이 없게 된다. 따라서, 삼각합병을 하는 시점에 해당 비거주자나 외국법인 주주에게 발생하는 양도차익에 대하여 과세하지 않을 경우에는 영원히 과세권을 상실하는 문제가 있을 수 있다.
피합병법인의 주주가 거주자인 경우에는 소득세법 규정에 따라 국외자산양도에 대한 양도소득세를 납부하게 된다. 거주자가 국외주식을 양도하는 경우에도 국내주식을 양도하는 것과 마찬가지로 양도소득세율을 10%(중소기업주식)와 20%(중소기업이외의 주식)를 적용하여 과세되지만, 주식양도차익에 대하여 외국모회사가 거주하는 국가에서도 과세될 수 있는 등 과세 방식은 국내주식의 양도의 경우와는 사뭇 다르다(소득세법 제118조의2 내지 제118조의8). 그런데, 소득세법에서 국외자산 양도에 대하여 과세하는 거주자의 범위는 국내에 당해 자산의 양도일까지 계속 5년 이상 주소 또는 거소를 둔 자에 한하므로(소득세법 제118조의2 본문), 5년 미만 주소 또는 거소를 둔 거주자의 경우에는 외국모회사와의 삼각합병의 결과 취득한 외국모회사 주식을 양도할 때 한국에서 과세되지 않는다. 해당 거주자가 조세조약에서 정한 규칙에 따라 한국에서의 거주자로 인정되는 경우에는 현행 세법규정에 따를 경우 외국모회사와의 합병으로 인하여 취득하게 되는 외국 모회사 주식의 양도차익에 대해서는 국제적으로 어느 국가에서도 과세되지 않는 상황이 발생할 수 있다.
나. Corporate Inversion의 문제
납세자는 외국 모회사와의 삼각합병을 이용하여 국내에서의 조세를 회피하고자 할 수도 있다. 예를 들면, 조세피난처에 shell company를 설립한 후 이를 이용하여 국내법인과 국제적 삼각합병을 할 수도 있다. 거주자 또는 내국법인은 shell company 주식을 소유하고 국내법인을 간접적으로 소유하게 되는데, 이러한 과정을 통하여 거주자 또는 내국법인은 세율이 낮은 외국으로 사실상 자산을 옮기게 되는 결과가 된다. 향후 이러한 외국 shell company 를 통하여 해외투자를 할 수도 있다. 이와 같이 국내회사의 소유권을 외국으로 옮기는 것을 corporate inversion이라고 한다. 『국제조세조정에 관한 법률』제17조에서 조세피난처의 법인소득에 관한 과세조정을 규정하고 있지만, 외국 모회사의 삼각합병을 통하여 해당 규정을 벗어나는 국가로 해당 자산을 국외 이전하려고 할 수 있다.
다. 삼각합병을 목적으로 한 국내 shell company의 설립
국제적인 삼각합병의 경우 종전부터 한국에 있는 자회사를 활용할 수도 있지만 삼각합병을 목적으로 일종의 shell company를 세운 후 이 회사와 대상회사를 합병하는 방식을 취하는 경우가 많다. 이럴 경우 사업을 영위하지 않은 shell company와의 삼각합병 역시 과세특례를 부여할 것인지 여부는 한국기업과 외국기업간 M&A를 활성화 할 것인지에 대한 과세정책에 대한 판단 문제이므로 신중한 검토가 필요하다.